Se eu fizer a atualização de firmware sem utilizar o Kies, eu perco a garantia?

Segundo os atendentes da Samsung, sim. Veja o que eles disseram:
"… só pode fazer a atualização pelo Kies, pois se for feita por outros meios o senhor perde a garantia.".

Fonte: http://freebird.blog.br/2012/05/09/analise-por-que-mudar-ou-nao-o-firmware-de-um-aparelho/.